Proqram Direktorluğu radionun işini tənzimləyir. Direktorluğun  tərkibinə “Proqram və koordinasiya”, “Buraxılış”, “Diktor və aparıcılar”, “Fond və Operativ Fonoteka” şöbələri və “Rejissorlar” qrupu  daxildir.

Proqram Direktorluğu Azərbaycan Radiosunda indiyə kimi hazırlanan verilişlərin, radiokompozisiyaların, radiotamaşaların, radioteatrların, portretlərin, oçerklərin arxivləşdirilməsi, çeşidlənərək saxlanması və fondlaşdırılmasını təmin edir. Azərbaycan Radiosunun proqram şəbəkəsində 90-a yaxın müxtəlif janrlı orjinal proqramlar mövcuddur. Bu isə həftə ərzində 55 saata yaxın yeni veriliş deməkdir.

Radionun Baş proqram direktoru Aygül Məmmədovadır.